棉花枯萎病的病原为尖孢镰刀菌萎蔫专化型（学名：fusarium oxysporum f. sp. vesinfectum (atk.) snyder et hansen）。菌丝透明，具分隔，在侧生的孢子梗上生出分生孢子。大型分生孢子镰刀形，略弯，两端稍尖，具2-5个隔膜，多为3个，大小（22.8-38.4）微米×（2.6-4.1）微米在，尖孢镰刀菌萎蔫专化型大型分生孢子分为三种培养型：ⅰ型纺缍形或匀称镰刀形，多具3-4个隔，足胞明显或不明显，为典型尖孢类型；
农业---种植抗病品种：如果土壤内积累一定数量的棉花枯萎病菌，并连续种植抗病品种，发病程度大幅度下降。大力推广种植抗病的优良品种是---枯萎病为经济有效的途径。 [1] 适时播种、起垄种植：棉花播种过早，地温低、棉苗出土迟缓、易受各种病菌侵袭，枸杞根腐病的---方法，引起烂种、烂牙。出苗后又易遭寒流侵袭，降低棉苗的抗病能力，苗弱容易造成枯萎病的发生。在同等条件下，起垄种植能提早出苗3-5天，而且棉苗壮、抗逆性强。 [1] 轮作换茬：棉花枯萎病菌在土壤中存活年间长，与小麦等和谷类作物轮作，可明显减轻发病，创造不利于病菌生存的条件和空间。 [1]
在各类型棉种中，品种之间的抗性差异也很---。值得注意的是，由于病菌存在明显的生理分化现象，不同区域的枯萎病菌其致病力不尽相同。因此，在甲地表现抗病的品种，在乙地就不一定具有相同抗性，品种的抗病性会随着种植的年限而降低，甚至丧失
土壤线虫棉田土壤中线虫的活动与消长，与棉花枯萎病的发生密切相关。线虫在土壤中的活动，可以携带棉花枯萎病菌，使之成为近距离的传播媒介。线虫在根部的过程中，造成伤口，不仅影响棉株的生长，使其抗病性降低，而且增加了病菌侵入的机会。同时，线虫的刺吸活动及分泌物，有利于病菌的繁殖，从而导致病害加重。
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